Istilah kontaminasi merupakan gangguan yang sangat umum dalam kegiatan kultur jaringan tanaman. Gangguan ini merupakan hal yang wajar karena dalam kultur jaringan fenomena kontaminasi ini sangat beragam, dapat dilihat dari jenis kontaminasinya seperti jamur, bakteri atau virus.
Faktor pembatas dalam perbanyakan tanaman secara kultur jaringan salah satu nya adalah dengan terjadinya kontaminasi pada setiap masa dalam pada periode kultur. Kontaminasi dapat berasal dari eksplan (baik internal maupun eksternal), organisme kecil yang masuk kedalam media (seperti semut), botol kultur atau alat-alat yang kurang steril, lingkungan kerja dan ruang kultur yang kurang steril (spora di udara).
Eksplan dapat terkontaminasi oleh berbagai mikroorganisme seperti jamur, bakteri, serangga atau virus. Namun sumber utama kontaminasi adalah spora jamur dan bakteri yang membentuk bagian alami dari atmosfer. Banyak yang bersifat non patogenik, artinya mereka tidak menyebabkan bahaya bagi tanaman inang pada kondisi normal.
Foto : https://pertanian.pontianakkota.go.id
Kontaminasi permukaan dapat di atasi dengan cara pencucian menggunakan berbagai perlakuan bahan pensteril. Keterbatasan utama adalah untuk memberikan perlakuan yang cukup kuat untuk mengeliminasi kontaminasi tanpa merusak jaringan tanaman.
Kontaminasi yang disebabkan oleh mikroorganisme endofilik (organisme yang hidup didalam sel atau antar ruang antar sel tanaman) yang sering merupakan biote dari tanaman sumber eksplan, sulit diatasi dengan sterilisasi permukaan. Keadaan ini disebabkan oleh koloni bakteri sering tidak muncul pada saat baru dikulturkan pertama kali, tetapi beberapa minggu kemudian muncul koloni bakteri. Bateri tersebut tetap ada setelah disubkulturkan beberapakali, karena hidupnya memang secara epifit didalam jaringan tanaman.
Eksudasi dari eksplan merupakan tipe kontaminasi yang lain, bukan dari organisme lain. Ketika jaringan tanaman terluka, dengan cara pemotongan atau perlakuan bahan kimia seperti larutan klorin, reaksi fisiologis terjadi pada sel disekitar luka. Salah satu prosesnya adalah produksi bahan biokimia atau sebagai produk pecahan atau sintesa sebagai mekanisme perlindungan. Keluarnya substansi dari jaringan akan terjadi. Bahan kimia ini mungkin atau mungkin tidak memberi pengaruh mematikan pada pertumbuhan kultur.
Adapun kontaminasi yang sering terjadi pada kultur jaringan tanaman terdiri atas 2 jenis yaitu kontaminasi oleh bakteri atau kontaminasi oleh jamur. Untuk membedakan kedua jenis kontaminasi ini, dapat dilihat dari ciri-ciri fisik yang muncul pada eksplan maupun media kultur. Bila terkena kontaminasi bakteri maka tanaman akan basah atau menyebabkan lendir, hal ini dikarenakan bakteri langsung menyerang terhadap jaringan dari tubuh tumbuhan itu sendiri. Sedangkan bila terkontaminasi oleh jamur, tanaman akan lebih kering, dan akan muncul hifa jamur pada tanaman yang terserang dan biasanya dapat dicirikan dengan adanya garis-garis (seperti benang) yang berwarna putih sampai abu-abu.
Botol kultur yang terkontaminasi harus dikeluarkan dari ruangan thermostatik. Selanjutnya harus di sterilisasi menggunakan autoclave listrik. Alat ini dilengkapi dengan dengan timer dan thermostat. Sebagai sumber uap, berasal dari air yg ditambahkan kedalam autoclave dan dididihkan. Sterilisasi dilakukan dengan autoclave pada temperature 121°C, selama 30 menit. Setelah itu cuci botol kontam yang telah selesai disterilisasi di autoclave dengan sabun anti bakteri, bilas hingga bersih. Langkah terakhir adalah sterilisasi kembali botol yang telah bersih di autoclave selama 10 menit. Botol kultur siap digunakan kembali.
Sumber Artikel : https://pertanian.pontianakkota.go.id
